VMD是一款利用3D繪圖技術與內建命令稿來顯示、模擬與分析大型生物分子系統的分子視覺化程式。VMD中許多重要的核心與應用目前皆利用NVIDIA繪圖處理器之大量平行CUDA架構的強大威力而完成。利用NVIDIA CUDA繪圖處理器執行這些應用程式的速度將比僅透過一顆CPU來運算要快上20倍到100倍，而我們在以下內文中還會繼續討論。

下載與安裝

• • 下載VMD 1.8.7 二進式檔(Binaries) (由伊利諾大學香檳分校(UIUC)提供)

• 注意事項

測試數據

您可前往NVIDIA的 VMD測試結果頁面瀏覽許多利用繪圖處理器執行VMD應用程式的詳細測試結果。

相關簡報

• 由Klaus Schluten’s Group所發布之於VMD與NAMD中進行GPU加速的相關文章與簡報

  • 2009年超級電腦大會(SC09): 透過GPU運算將分子模擬應用程式進行加速 -由貝克曼先進科技學院(Beckman Institute for Advanced Science and Technology)、伊利諾大學香檳分校John Stone所發表。

  • 2009年GPU技術大會中針對VMD與NAMD之探討: 透過GPU加速之VMD視覺化與分析 - 由貝克曼先進科技學院(Beckman Institute for Advanced Science and Technology)、伊利諾大學香檳分校John Stone所發表。

• 更多利用GPU為分子動力學應用程式進行加速的相關文章

論壇

• GPUcomputing.net上以GPU為基礎的分子模擬社群

訪談 /影片

• • NVIDIA nTersect 中的2009年超級電腦大會(SC09)部落格: S 利用NVIDIA繪圖處理器研究H1N1病毒。

GPU 解決方案

使用者可在搭載繪圖處理器的桌上型個人超級電腦或資料中心中，進行Tesla Bio Workbench應用程式配置。 這些建構於革命性大量平行CUDA架構上的解決方案是針對加速運算科學的研究結果而量身設計而成。

建議硬體配置