張貼日期：Jul 09, 2010 9:4:52 AM

需要此領域相關資訊，誠摯歡迎您的來信或來電 marketing@honghutech.com, 0910218322 蔡先生

分子動力學極為適用NVIDIA繪圖處理器龐大的平行架構。在以下的圖表中，我們會特別說明VMD方面的工作以及分子動力學套裝軟體，例如 NAMD和HOOMD

NVIDIA Tesla Bio Workbench的推出，提供給生命科學家與計算化學家挑戰生化研究極致結果的利器，以優化科學工作流程並加速研究速度。了解更多相關資訊。

下載CUDA的分子動力學軟體

• VMD中GPU加速功能相關資訊

• 包括CUDA加速的NAMD 2.7 Beta 2版

• HOOMD：高度最佳化物件導向分子動力學

• LAMMPS GPU埠

• MDGPU

• GPUGrid.net

• OpenMM資料庫被用於在GPU上加速分子動力學

• 使用Open MM的GROMACS

• ACEMD 生物分子動力學套裝軟體

• AMBER(即將推出) – 請參考使用OpenMM的論文

  • BigDFT : DFT (密度函數理論)電子結構編碼 -- PDF檔案

• TeraChem: 首款針對CUDA繪圖處理器重頭編寫的量子科學碼

CUDA的分子動力學報告

• • 在2008超級運算大會針對NAMD 和 VMD推出的CUDA指導

• NAMD和VMD刊物

• 基於GPU硬體的光滑粒子-Mesh Ewald (Smooth Particle-Mesh Ewald ;PME)方法

• 在GPU（图形处理器）上加速AMBER分子动力学模拟

• 高度最佳化物件導向分子動力學

• 螢光顯微鏡技術

• 取得MD模擬的強大力量

• 蛋白質折疊研究計畫 (運作GROMACS)

• Ascalaph流體MD

CUDA – 針對相關垂直領域的加速

• 計量化學

• 醫療成像

• 生醫資訊和生命科學

• MATLAB加速

亦可參考

• Tesla/CUDA成功案例

• 其它Tesla纵向解决方案

• CUDA軟體開發工具和資料庫