NAMD on Tesla GPUs

NAMD on Tesla GPUs

 
 

從2007年開始,伊利諾大學香檳分校(UIUC)的研究團隊便使其 奈米分子動力學 (NAMD)利用CUDA加速將速度提升。他們在NCSA 以Tesla為基礎的Lincoln叢集中進行了大量的實驗,並展示出4顆Tesla繪圖處理器的運算效能可超越擁有16個四核心CPU 的叢集。

下載與安裝

測試數據

您可從以下測試結果看出,利用Tesla GPU 叢集執行的NAMD效能大幅提升。

NAMD Results on CPU vs GPU Clusters
以上數據由伊利諾大學香檳分校(UIUC)理論和計算生物物理組提供

技術文章

您可前往伊利諾大學香檳分校(UIUC)的網站,以取得NAMDVMD之GPU加速的一些相關文章。欲了解更多,您也可以透過參考分子動力學頁面獲得更多利用CUDA加速分子動力學之應用程式的相關資訊。
歡迎參考分子動力學頁面以獲得更多分子動力學加速之應用程式的相關資訊。

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GPU 解決方案

使用者可在搭載繪圖處理器的桌上型個人超級電腦或資料中心中,進行Tesla Bio Workbench應用程式配置。 這些建構於革命性大量平行CUDA架構上的解決方案是針對加速運算科學的研究結果而量身設計而成。

建議硬體配置

桌上型工作站配置資料中心配置
  • 繪圖處理器
    • 4顆Tesla C1060繪圖處理器進行運算
  • 中央處理器與主記憶體
    • 2.33 GHz x86 中央處理器
    • >16 GB (每一顆Tesla C1060繪圖處理器擁有4 GB的主記憶體)
  • 每個節點的繪圖處理器
    • Tesla S1070 (一台1U系統中有4顆繪圖處理器)或搭載M1060繪圖處理器的混合式伺服器
  • 中央處理器與主記憶體
    • 每一台伺服器擁有一個2.33 GHz x86中央處理器
    • 每一台伺服器擁有16 GB的主記憶體

Tesla Personal Supercomputer Tesla GPU Computing Clusters
工作站解決方案
TESLA個人超級電腦 

節省空間,可放置於桌上的個人超級電腦
 
資料中心解決方案
TESLA GPU運算叢集 

專為大型設備運算而設計