NAMD on Tesla GPUs

張貼者:2010年7月7日 上午1:41蔡長明   [ eddie liu 已於 2012年7月22日 上午10:13 更新 ]

NAMD on Tesla GPUs

 
 

美國伊利諾伊大學厄本那香檳分校的團隊早在2007年就實現了NAMD的CUDA加速 他們在國家計算機安全協會(NCSA)基於Tesla的Lincoln集群 上實施了擴展實驗,結果表明,4顆Tesla GPU的性能優於16顆四核CPU的集群。

下載與安裝

基準測試數據

如圖所示,在Tesla GPU集群上,NAMD擴展得非常好。

NAMD Results on CPU vs GPU Clusters
數據來源:美國伊利諾伊大學厄本那香檳分校理論與計算生物物理學研究組

技術論文

美國伊利諾伊大學厄本那香檳分校網站刊登了數篇關於NAMD 和VMD實現GPU加速的論文
如需了解CUDA加速分子動力學應用的更多信息,敬請訪問 NVIDIA®(英偉達™)分子動力學頁面

演示文稿

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採訪/ 視頻
GPU解決方案

基於GPU的台式個人超級計算機或數據中心解決方案中可以部署Tesla Bio Workbench軟件。 這些解決方案基於革命性的大規模並行CUDA架構,可加速計算科學的發展步伐。

推薦硬件配置

台式機工作站配置數據中心配置
  • GPUs
    • 4 塊Tesla C1060計算
  • CPU 和主存儲器
    • 2.33 GHz x86 CPU
    • >16 GB (4 GB主存儲器/每塊Tesla C1060 GPU)
  • GPU/每個節點
    • Tesla S1070 (1U內含有4 塊GPU)或M1060 GPU 混合服務器
  • CPU與主存儲器
    • 2.33 GHz x86 CPU/每台服務器
    • 16 GB/每台服務器
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