分子動力學

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分子動力學極為適用NVIDIA繪圖處理器龐大的平行架構。在以下的圖表中，我們會特別說明VMD方面的工作以及分子動力學套裝軟體，例如 NAMD和HOOMD 

NVIDIA Tesla Bio Workbench的推出，提供給生命科學家與計算化學家挑戰生化研究極致結果的利器，以優化科學工作流程並加速研究速度。了解更多相關資訊。

AMBER AMBER軟體中的Generalized Born模擬 聖地牙哥超級運算中心	GPU叢集上的NAMD效能提升 伊利諾大學香檳分校(UIUC)理論和計算生物物理組

• VMD中GPU加速功能相關資訊
• 包括CUDA加速的NAMD 2.7 Beta 2版
• HOOMD：高度最佳化物件導向分子動力學
• LAMMPS GPU埠
• MDGPU
• GPUGrid.net
• OpenMM資料庫被用於在GPU上加速分子動力學
• 使用Open MM的GROMACS
• ACEMD 生物分子動力學套裝軟體
• AMBER(即將推出) – 請參考使用OpenMM的論文
• BigDFT : DFT (密度函數理論)電子結構編碼 -- PDF檔案
• TeraChem: 首款針對CUDA繪圖處理器重頭編寫的量子科學碼

• 在2008超級運算大會針對NAMD 和 VMD推出的CUDA指導
• NAMD和VMD刊物
• 基於GPU硬體的光滑粒子-Mesh Ewald (Smooth Particle-Mesh Ewald ;PME)方法
• 在GPU（图形处理器）上加速AMBER分子动力学模拟
• 高度最佳化物件導向分子動力學
• 螢光顯微鏡技術
• 取得MD模擬的強大力量
• 蛋白質折疊研究計畫 (運作GROMACS)
• Ascalaph流體MD

• 計量化學
• 醫療成像
• 生醫資訊和生命科學
• MATLAB加速

• Tesla/CUDA成功案例
• 其它Tesla纵向解决方案
• CUDA軟體開發工具和資料庫