GROMACS on Tesla GPUs

GROMACS on Tesla GPUs

 
 

GROMACS是一款分子動力學套裝軟體,專為如蛋白質、油脂和核酸等擁有許多複雜的鍵結相互作用之生化分子的模擬而設計。GROMACS中可帶來GPU加速CUDA port現已推出beta版本,並針對Particle-Mesh-Ewald (PME)、非鍵結相互作用之任何形式,以及隱式溶劑Generalized Born計算方法提供支援。

下載與安裝

測試數據

GROMACS的CUDA版本目前針對單GPU提供支援,測試結果如下:

Particle-Mesh-Ewald (PME)Reaction-Field Cutoffs
 以上數據由斯德哥爾摩生物膜研究中心(Stockholm Center for Biomembrane Research)提供。

技術文章

論壇

GPU 解決方案

使用者可在搭載繪圖處理器的桌上型個人超級電腦或資料中心中,進行Tesla Bio Workbench應用程式配置。 這些建構於革命性大量平行CUDA架構上的解決方案是針對加速運算科學的研究結果而量身設計而成。

建議硬體配置

桌上型工作站配置資料中心配置
  • 繪圖處理器
    • 1顆Tesla C1060繪圖處理器 (CUDA版本的GROMACS目前有針對單顆繪圖處理器提供支援)
  • 中央處理器與主記憶體
    • 2.33 GHz x86 中央處理器
    • >16 GB (每一顆Tesla C1060繪圖處理器擁有4 GB的主記憶體)
  • 不適用 (CUDA版本的GROMACS目前尚無針對MPI提供支援)

Tesla Personal Supercomputer Tesla GPU Computing Clusters
工作站解決方案
TESLA個人超級電腦 

節省空間,可放置於桌上的個人超級電腦
瞭解更多資訊 >哪裡購買 >
 
資料中心解決方案
TESLA GPU運算叢集 

專為大型設備運算而設計 
瞭解更多資訊 >哪裡購買 >